COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-18 17:00:00 15.612240 15.612240 16.263471
2021-04-17 17:00:00 15.120809 15.120809 16.394187
2021-04-16 17:00:00 15.695637 15.695637 16.542798
2021-04-15 17:00:00 16.880818 16.880818 16.608044
2021-04-14 17:00:00 15.850203 15.850203 16.612583
2021-04-13 17:00:00 15.336801 15.336801 17.020186
2021-04-12 17:00:00 19.542433 19.542433 17.620293

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-18 17:00:00 15.375447 15.375447 13.592032
2021-04-17 17:00:00 11.849901 11.849901 13.760348
2021-04-16 17:00:00 12.899263 12.899263 14.171355
2021-04-15 17:00:00 13.755598 13.755598 14.343202
2021-04-14 17:00:00 14.050027 14.050027 14.217707
2021-04-13 17:00:00 10.970996 10.970996 13.824920
2021-04-12 17:00:00 12.605042 13.782153 13.268015

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-18 17:00:00 25.978648 25.978648 26.304256
2021-04-17 17:00:00 24.215247 30.252101 26.092299
2021-04-16 17:00:00 16.923077 24.159231 26.051315
2021-04-15 17:00:00 27.468354 27.468354 26.065172
2021-04-14 17:00:00 29.551821 29.551821 25.797541
2021-04-13 17:00:00 26.111908 26.111908 25.665802
2021-04-12 17:00:00 33.632287 10.706638 25.511373

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-18 17:00:00 14.858841 14.858841 15.914664
2021-04-17 17:00:00 13.841642 13.841642 15.996144
2021-04-16 17:00:00 15.019077 15.019077 16.026547
2021-04-15 17:00:00 18.082015 18.082015 16.202811
2021-04-14 17:00:00 15.761821 15.761821 16.036294
2021-04-13 17:00:00 15.619924 15.619924 16.042407
2021-04-12 17:00:00 15.096860 16.229236 16.042178

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-18 17:00:00 11.403273 11.403273 12.277652
2021-04-17 17:00:00 12.663830 12.663830 12.329457
2021-04-16 17:00:00 12.057081 12.057081 12.384575
2021-04-15 17:00:00 13.651710 13.651710 12.425050
2021-04-14 17:00:00 14.342216 14.342216 12.421470
2021-04-13 17:00:00 16.935568 10.913603 12.827373
2021-04-12 17:00:00 21.025485 9.363283 13.077303

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-18 17:00:00 36.375618 36.375618 33.266813
2021-04-17 17:00:00 28.271151 28.271151 33.945346
2021-04-16 17:00:00 41.062802 41.062802 34.655963
2021-04-15 17:00:00 38.461538 38.461538 34.377442
2021-04-14 17:00:00 22.641012 22.641012 33.997514
2021-04-13 17:00:00 28.597450 28.597450 33.582354
2021-04-12 17:00:00 62.896175 37.491857 34.600386

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-18 17:00:00 8.738632 8.738632 10.364891
2021-04-17 17:00:00 4.985526 4.985526 10.931237
2021-04-16 17:00:00 9.809810 9.809810 11.292598
2021-04-15 17:00:00 20.506912 20.506912 11.726767
2021-04-14 17:00:00 17.519380 17.519380 12.047747
2021-04-13 17:00:00 10.409652 10.409652 12.922905
2021-04-12 17:00:00 17.484009 17.484009 13.386929

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-18 17:00:00 7.677112 6.057511 6.873479
2021-04-17 17:00:00 7.494833 7.494833 6.909619
2021-04-16 17:00:00 7.830429 7.830429 6.916818
2021-04-15 17:00:00 6.985661 6.985661 6.869561
2021-04-14 17:00:00 6.079779 6.079779 6.790632
2021-04-13 17:00:00 6.584083 6.584083 6.723300
2021-04-12 17:00:00 14.390742 5.583287 6.710258

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-18 17:00:00 15.677966 11.334792 13.540770
2021-04-17 17:00:00 13.986928 13.986928 13.718657
2021-04-16 17:00:00 13.374741 13.374741 13.868123
2021-04-15 17:00:00 14.990792 14.990792 13.920092
2021-04-14 17:00:00 14.817492 14.817492 14.106986
2021-04-13 17:00:00 10.153846 10.153846 14.274387
2021-04-12 17:00:00 14.312442 14.312442 14.681530

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-18 17:00:00 24.613260 24.613260 28.776576
2021-04-17 17:00:00 28.326658 28.326658 29.048618
2021-04-16 17:00:00 28.556326 28.556326 29.305888
2021-04-15 17:00:00 28.024297 28.024297 29.354447
2021-04-14 17:00:00 25.075705 25.075705 29.831758
2021-04-13 17:00:00 35.098632 35.098632 29.062857
2021-04-12 17:00:00 21.362760 50.707092 28.936356

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-18 17:00:00 15.588070 15.588070 13.029206
2021-04-17 17:00:00 13.727858 13.727858 13.183899
2021-04-16 17:00:00 11.989702 11.989702 13.376024
2021-04-15 17:00:00 13.749473 13.749473 13.624005
2021-04-14 17:00:00 15.421776 15.421776 13.440126
2021-04-13 17:00:00 10.979228 10.979228 12.980121
2021-04-12 17:00:00 11.623037 4.562269 12.825643

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-18 17:00:00 6.682578 9.841828 7.127835
2021-04-17 17:00:00 6.483301 6.483301 7.169404
2021-04-16 17:00:00 8.713693 8.713693 7.094796
2021-04-15 17:00:00 8.368794 8.368794 6.806098
2021-04-14 17:00:00 7.154213 7.154213 6.440639
2021-04-13 17:00:00 0.000000 0.000000 6.023371
2021-04-12 17:00:00 8.615385 8.615385 5.702943

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-18 17:00:00 7.385698 7.385698 5.076673
2021-04-17 17:00:00 5.873606 5.873606 5.114502
2021-04-16 17:00:00 3.338762 3.338762 5.256529
2021-04-15 17:00:00 3.186275 3.186275 5.476150
2021-04-14 17:00:00 4.193038 4.193038 5.810743
2021-04-13 17:00:00 5.870445 5.870445 5.784056
2021-04-12 17:00:00 4.810997 4.810997 5.992760

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-18 17:00:00 38.461538 38.461538 39.503798
2021-04-17 17:00:00 29.931973 29.931973 39.502998
2021-04-16 17:00:00 43.150685 43.150685 40.303339
2021-04-15 17:00:00 42.391304 42.391304 41.626079
2021-04-14 17:00:00 44.333333 44.333333 41.934524
2021-04-13 17:00:00 42.960289 42.960289 42.895618
2021-04-12 17:00:00 27.586207 39.278557 42.923089

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-18 17:00:00 26.267926 12.497920 16.881008
2021-04-17 17:00:00 15.130313 15.130313 17.003497
2021-04-16 17:00:00 18.627755 18.627755 17.492080
2021-04-15 17:00:00 20.060308 20.060308 17.915274
2021-04-14 17:00:00 20.478156 20.478156 18.173420
2021-04-13 17:00:00 15.349985 15.349985 18.562284
2021-04-12 17:00:00 21.052632 9.981951 19.066459

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-18 17:00:00 38.633615 38.633615 42.973410
2021-04-17 17:00:00 46.564885 46.564885 43.169632
2021-04-16 17:00:00 39.119369 39.119369 42.557720
2021-04-15 17:00:00 46.489044 46.489044 42.902801
2021-04-14 17:00:00 63.077575 63.077575 41.029341
2021-04-13 17:00:00 44.994333 44.994333 41.719880
2021-04-12 17:00:00 28.506471 28.506471 41.264507

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-18 17:00:00 11.097060 9.708201 9.033479
2021-04-17 17:00:00 8.648649 8.648649 9.154015
2021-04-16 17:00:00 9.510795 9.510795 9.175405
2021-04-15 17:00:00 7.810750 7.810750 9.067981
2021-04-14 17:00:00 11.180401 7.516704 9.077660
2021-04-13 17:00:00 9.470026 9.470026 9.082168
2021-04-12 17:00:00 11.880805 11.880805 9.187213

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-18 17:00:00 11.068944 11.068944 13.108042
2021-04-17 17:00:00 12.284015 12.284015 13.218512
2021-04-16 17:00:00 13.280341 13.280341 13.330917
2021-04-15 17:00:00 14.256219 14.256219 13.374210
2021-04-14 17:00:00 13.317212 13.317212 13.792954
2021-04-13 17:00:00 12.817188 12.817188 14.225360
2021-04-12 17:00:00 14.361496 14.361496 14.798376

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-18 17:00:00 14.499773 14.499773 13.672514
2021-04-17 17:00:00 13.050386 13.050386 13.641068
2021-04-16 17:00:00 13.955846 13.955846 13.684352
2021-04-15 17:00:00 13.238200 13.238200 13.610506
2021-04-14 17:00:00 14.028345 14.028345 13.547382
2021-04-13 17:00:00 12.172553 12.172553 13.276527
2021-04-12 17:00:00 17.866067 14.018748 13.378503

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-18 17:00:00 18.677686 18.677686 16.920442
2021-04-17 17:00:00 13.043478 13.043478 17.160779
2021-04-16 17:00:00 20.121029 20.121029 17.772027
2021-04-15 17:00:00 15.466667 15.466667 18.226530
2021-04-14 17:00:00 20.206490 20.206490 18.347678
2021-04-13 17:00:00 13.053892 13.053892 18.170498
2021-04-12 17:00:00 24.390244 17.366947 17.811687

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-18 17:00:00 16.384181 16.384181 27.050470
2021-04-17 17:00:00 23.750000 23.750000 27.996110
2021-04-16 17:00:00 22.727273 22.727273 28.297430
2021-04-15 17:00:00 35.576923 35.576923 27.978135
2021-04-14 17:00:00 40.268456 40.268456 26.817459
2021-04-13 17:00:00 21.719457 21.719457 26.787665
2021-04-12 17:00:00 52.459016 52.459016 27.634413

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-18 17:00:00 22.743574 22.743574 23.899862
2021-04-17 17:00:00 24.371273 24.371273 23.739811
2021-04-16 17:00:00 22.414646 22.414646 24.187574
2021-04-15 17:00:00 24.954002 24.954002 24.256663
2021-04-14 17:00:00 24.551442 24.551442 24.103803
2021-04-13 17:00:00 23.832659 23.832659 24.145317
2021-04-12 17:00:00 23.128448 23.128448 24.341673

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 15.375447 15.375447 13.592032
Basilicata 25.978648 25.978648 26.304256
Calabria 14.858841 14.858841 15.914664
Campania 11.403273 11.403273 12.277652
Emilia-Romagna 36.375618 36.375618 33.266813
Friuli Venezia Giulia 8.738632 8.738632 10.364891
Lazio 7.677112 6.057511 6.873479
Liguria 15.677966 11.334792 13.540770
Lombardia 24.613260 24.613260 28.776576
Marche 15.588070 15.588070 13.029206
Molise 6.682578 9.841828 7.127835
P.A. Bolzano 7.385698 7.385698 5.076673
P.A. Trento 38.461538 38.461538 39.503798
Piemonte 26.267926 12.497920 16.881008
Puglia 38.633615 38.633615 42.973410
Sardegna 11.097060 9.708201 9.033479
Sicilia 11.068944 11.068944 13.108042
Toscana 14.499773 14.499773 13.672514
Umbria 18.677686 18.677686 16.920442
Valle d'Aosta 16.384181 16.384181 27.050470
Veneto 22.743574 22.743574 23.899862

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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